Nassteile des Luftbefeuchters können nach der Reinigung mit einem Desinfektionsmittel behandelt werden, um Brutstätten für Bakterien und Pilze zu bekämpfen. Damit wird einer schnellen Neuverkeimung entgegengewirkt.

Eine rein mechanische Reinigung ist aufgrund der geforderten Zugänglichkeit nicht in allen Fällen möglich. Manchmal ist die mechanische Reinigung alleine auch nicht ausreichend. In diesen Fällen kommen oft Reinigungs- oder Desinfektionsmittel wie z. B. Chlor oder Chlorverbindungen zum Einsatz, die aber meistens einen dünnen Biofilm zurücklassen. Der beste Reinigungseffekt in Bezug auf eine Biofilmablösung in unzugänglichen wasserführenden Systemen wird nach bisher vorliegenden Erfahrungen durch den Einsatz des Oxidationsmittels Wasserstoffperoxid erzielt. Wird hierbei gleichzeitig ein spezieller Metallkatalysator (MOL®-CLEAN-Verfahren) eingesetzt, kann die Konzentration des zugesetzten Wasserstoffperoxids auf Dauer sehr gering gehalten werden. Im Gegensatz zu anderen Verfahren wird nicht nur die Entfernung von Biofilmen ermöglicht, sondern auch deren Bildung vermieden.

Grundsätzlich ist bei einer Reinigung mit chemischen Zusätzen darauf zu achten, dass die Anlage vor der Wiederinbetriebnahme ausreichend gespült oder abgetrocknet wurde. Es ist unbedingt zu verhindern, dass diese Produkte anschließend über die Befeuchtung in die Raumluft gelangen, da diese Substanzen erheblich gesundheitsschädigend sein können. Ferner sind die Vorschriften der Lieferanten dieser Produkte und der Abwasserverordnung einzuhalten.