In vielen Fällen ist eine Wasseraufbereitung des Befeuchterwassers unerlässlich, um den Auswirkungen unzureichender Wasserqualität entgegenzuwirken. Hierunter fallen z. B. Kalkablagerungen, die die Düsen von Luftbefeuchtungsanlagen verstopfen oder das Wachstum von Biofilmen in den Leitungen begünstigen können.