Sobald sich an feuchten oder nassen Stellen der Anlage Partikel (Staub, Verunreinigungen) ablagern, setzt das Wachstum von Mikroorganismen ein. In wasserführenden Bereichen und Leitungen bildet sich eine gallertartige Schicht, die als Biofilm bezeichnet wird. Dieser besteht im Wesentlichen aus organischen Bestandteilen wie Bakterien, Pilzsporen, Geruchsstoffen, Algen, Kalkablagerungen und Stäuben, die das Wachstum von Mikroorganismen fördern. Beim Betrieb der Anlage werden die genannten Verunreinigungen mit dem Luft- bzw. Wasserstrom in die Raumluft eingetragen. Mangelhaft gewartete und schlecht gereinigte Luftbefeuchtungsanlagen werden so geradezu zu "Keimschleudern".

Je nach Größe und Konzeption der Anlage muss mit geeigneten Maßnahmen eine Keimbildung verhindert oder die Entkeimung der Anlagen und des Prozesswassers vorgenommen werden. Die Bildung eines Biofilmes kann z. B. vermieden werden, indem der Eintrag von Nährstoffen in das System verhindert wird. Eine zentrale Bedeutung haben hierbei Staubfilter, deren Einbau in RLT-Anlagen vorgeschrieben ist. Als Grundregel gilt: Je feiner die eingesetzten Staubfilter und je weniger Staub in die RLT-Anlage eingetragen wird, umso geringer ist die Gefahr der Verkeimung und damit auch die Ausbildung von Biofilmen in der Anlage. Dies gilt aber nur dann, wenn die Luftfilter regelmäßig ausgetauscht werden.

Eine weitere Möglichkeit die Verkeimung und die Biofilmbildung zu verhindern bzw. zu reduzieren besteht darin, das Befeuchterwasser durch Filtrierung, Entsalzung etc. aufzubereiten. Auch eine geeignete Materialauswahl für die wasserführenden Anlagenteile kann das Wachstum von Mikroorganismen wirkungsvoll hemmen. Darüber hinaus stehen verschiedene Entkeimungsverfahren zur Verfügung, die das Wachstum von Mikroorganismen unterdrücken und damit auch die Bildung von Biofilmen. Auf jeden Fall muss der Erfolg einer Entkeimung geprüft werden. Dabei ist es möglich, eigene Überprüfungen mit den sogenannten Dip-Slides durch einen geschulten Mitarbeiter durchzuführen oder ein Labor damit zu beauftragen.