Sie enthalten einen echten Zellkern, verschiedene Zellorganellen und besondere Zellwände. Schimmelpilze wachsen fadenförmig (Zellfäden = Hyphen) auf Oberflächen und bilden ein "Schimmelpilzgeflecht" (Myzel, siehe Abbildung). Unter bestimmten Bedingungen bilden Schimmelpilze Sporen aus, die im Unterschied zu den Dauerstadien der Bakterien ("Bakterien-Sporen") ausschließlich der Verbreitung dienen. Diese haben aufgrund ihrer artspezifischen Größe und Flugfähigkeit eine unterschiedliche Lungengängigkeit. Schimmelpilzsporen können bei entsprechend veranlagten Menschen zu Sensibilisierungen führen und Allergien auslösen.

Im Gegensatz zu Bakterien können sich Schimmelpilze nicht direkt im Wasser vermehren, sondern finden sich besonders an feuchten Oberflächen. Werden in einer Luftbefeuchtungsanlage im Befeuchterwasser Schimmelpilze gefunden, handelt es sich in aller Regel um Zellen, die über die Luft als Sporen eingetragen wurden. Die Quelle für die Schimmelpilzbelastung des Befeuchterwassers ist dann nicht im Befeuchterwasser selbst, sondern beispielsweise im Pilzbewuchs an den Wänden der Befeuchterkammer, der RLT-Kanäle oder an Schalldämpfern, Filtern oder Tropfenabscheidern zu finden. Pilze, insbesondere der Gattung Penicillium, finden sich auch auf Luftfiltern und können dort unter günstigen Bedingungen auskeimen.

Fast alle Schimmelpilze benötigen für ihr Wachstum eine hohe Luftfeuchtigkeit. Einfache technische Maßnahmen gegen das Wachstum von Schimmelpilzen bestehen im Allgemeinen darin, die Luftfeuchtigkeit zu vermindern (z. B. durch periodisches Austrocknen des gesamten RLT-Systems) und regelmäßig die Luftfilter auszutauschen.