Wichtig beim Betrieb von Luftbefeuchtungsanlagen ist die kompetente Planung, ein sachgemäßer Betrieb und vor allen Dingen die regelmäßige Reinigung der Anlagen. Darüber hinaus kann auch der Einsatz von Desinfektionsverfahren notwendig werden. In diesem Fall muss jedoch sichergestellt werden, dass keine Desinfektionsmittel in die Atemluft gelangen. Die Reinigung eines Luftbefeuchtungssystems aufzuschieben, weil sich niemand dafür zuständig fühlt, ist die denkbar schlechteste Lösung. Dadurch können sich Ablagerungen und Biofilme umso stärker ausbilden. Im Betrieb muss klar geregelt werden, wer für die Wartung/Reinigungstätigkeit zuständig und verantwortlich ist.

Gerade wenn die Reinigung von Luftbefeuchtungsanlagen oder Klimakanälen lange Zeit vernachlässigt wurde, kann es zu erheblichen Gefährdungen des Wartungspersonals kommen. Eine regelmäßige Reinigung nach einem Wartungsplan beugt hier vor. Damit auch die Mitarbeiter geschützt werden, die aktiv Wartung und Reinigung der Luftbefeuchtungsanlagen durchführen und in direkten Kontakt mit einer möglicherweise verkeimten Anlage kommen, muss vor Aufnahme dieser Tätigkeit eine Gefährdungsermittlung und -beurteilung durchgeführt werden (siehe hierzu Abschnitt Betrieb und Instandhaltung von Luftbefeuchtungsanlagen). Je nach Ergebnis der Gefährdungsbeurteilung muss der Arbeitgeber persönliche Schutzausrüstung zur Verfügung stellen und eine arbeitsmedizinische Vorsorge anbieten.