Auch wenn es bereits leicht handhabende Schnelltest-Verfahren für die Hygieneuntersuchung gibt, macht eine eingehende Analyse der vorhandenen Keime die umfassende Einrichtung eines mikrobiologischen Labors oft notwendig. Nachweis und Identifizierung einzelner Keime (z. B. Pseudomonaden, Hefen, Legionellen) bleiben speziell dafür ausgerüsteten Laboratorien (u. a. Hygieneinstituten) vorbehalten.